Komi-san wa, Komyushou desu.

Hitohito Tadano es un chico común que se dirige a su primer día de escuela secundaria con un plan claro: evitar problemas y hacer todo lo posible para mezclarse con los demás. Desafortunadamente, falla de inmediato cuando toma asiento junto a la madonna de la escuela, Shouko Komi. Sus compañeros ahora lo reconocen como alguien a eliminar para tener la oportunidad de sentarse junto a la chica más hermosa de la clase.

Hermosa y elegante con cabello largo y oscuro, Komi es universalmente adorada e inmensamente popular a pesar de su personalidad misteriosa. Sin embargo, sin que todos lo sepan, tiene una ansiedad paralizante y un trastorno de la comunicación que le impide socializar sinceramente con sus compañeros de clase.

Cuando se queda solo en el aula, una cadena de eventos obliga a Komi a interactuar con Tadano escribiendo en la pizarra, como si fuera una conversación unidireccional. Al ser la primera persona en darse cuenta de que no puede comunicarse correctamente, Tadano toma la tiza y comienza a escribir también. Eventualmente descubre que el objetivo de Komi es hacer cien amigos durante su tiempo en la escuela secundaria. Con este fin, decide echarle una mano, convirtiéndose también en su primer amigo.